Alcuni sintomi di questa sindrome sono correlati ad altri disturbi, come ad esempio il disturbo non verbale dell’apprendimento (Nonverbal learning disorder), la fobia sociale, il disturbo schizoide di personalità. La sindrome di Asperger non è diagnosticata solo per le caratteristiche proprie, ma anche per una vasta gamma di condizioni di comorbilità (disturbi non dovuti alla sindrome in sé), come depressione, ansia, disturbo ossessivo-compulsivo.